Ông lên ngôi ngày 24 tháng 5 năm 1382 sau khi cha là Thiên hoàng Go-En'yū vừa thoái vị, hiệu là Go-Komatsu

Thời gian ở ngôi vua Bắc triều (1382 - 1392), ông cùng Shogun tích cực thảo phạt thế lực chống đối và tiến tới thống nhất quốc gia; đồng thời Go-Komatsu cũng không còn quyền lực gì ngoài việc liên kết với các gia tộc, Shogun để giữ ngai vàng của Bắc triều.

Ngày 21 tháng 10 năm 1392, dưới sự trung gian của Shogun nhà Ashikaga thì Thiên hoàng Kameyama của Nam triều đã phải thoái vị, nhường ngôi lại cho Go-Komatsu. Nhật Bản tái thống nhất trở lại. Ông chính thức[4] lên ngôi Thiên hoàng thứ 100 của nước Nhật Bản thống nhất, trị vì với niên hiệu Meitoku nguyên niên (1393-1394).

Không tài liệu nào ghi lại những hoạt động của Go-Komatsu sau khi Nhật Bản tái thống nhất. Nhưng có thể nhận định, việc Nhật Bản tái thống nhất được dưới trướng Thiên hoàng Go-Komatsu phần lớn do công lao của Shogun Yoshimitsu, nên mặc dù quyền lực là của Thiên hoàng, nhưng thực tế bị Shogun nắm lấy tất cả. Yoshimitsu dẹp yên các thế lực chống đối và nắm quyền lực cao nhất, ngang bằng với Thiên hoàng. Ngay cả khi Yoshimitsu từ chức Shogun để được Go-Komatsu phong làm Daijodaijin (chức vụ triều đình) để thực thi "công vũ hợp nhất" giữa công khanh và vũ gia. Năm 1401, Yoshimitsu thay mặt Thiên hoàng ngoại giao với nhà Minh (Trung Quốc), giúp vua Minh Thái Tổ dẹp cướp biển (wako, Nụy khấu) để bảo vệ vùng biển phía đông Trung Quốc. Từ đó cho đến khi ông ta (tức Yoshimitsu) thoái vị và nhường chức cho con, Yoshimitsu luôn có mưu đồ soán ngôi vua Nhật. Biểu hiên là trong các buổi lễ, Yoshimitsu ngồi ngang vai với Thiên hoàng[5], đặt nghi thức như lập thái tử cho con cháu mình.

Ngày 05 tháng 10 năm 1412, Thiên hoàng thoái vị và nhường ngôi cho con cả là thân vương Mihito. Thân vương sẽ lên ngôi, hiệu là Thiên hoàng Shōkō.

Trong thời gian rời ngôi, ngôi vị và lễ đăng quang của ông được các nhà viết sử coi là hợp pháp của Nhật Bản. Nhưng đến thế kỷ XIX, Thiên hoàng Minh Trị xem xét lại và trong tuyên bố năm 1911, ông coi các Thiên hoàng Nam triều là hợp pháp, Bắc triều là bất hợp pháp.

Ông có ba con ruột và hai con nuôi. Con cả và cũng là con ruột ông sẽ lên ngôi Thiên hoàng kế tiếp, hoàng tử Ogawa, công chúa Riei. Hai người con nuôi là Hikohito (con trai của Hoàng tử Sadafusa, trở thành Thiên hoàng Go-Hanazono) và thiền sư Ikkyu Sōjun.

Niên hiệu

Bắc triều

• Eitoku (1381–1384)
• Shitoku (1384–1387)
• Kakei (1387–1389)
• Kōō (1389–1393]

Nam triều

• Kōwa (1381–1384)
• Genchū (1384–1390)
• Meitoku (1390–1393)‡

Tái thống nhất

• Meitoku (1393–1394)‡
• Ōei (1394–1428)